Resumen Introducción: Una tercera parte de los casos nuevos de tuberculosis se atribuye a la propagación del HIV. En 2012, se presentaron en Colombia 1.397 casos de tuberculosis concomitante con la infección por HIV, es decir, 11,8 % del total de notificados. El uso de las herramientas de epidemiología molecular contribuye a una mejor comprensión de la transmisión de la enfermedad. Objetivo: Caracterizar los aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis de individuos positivos para HIV recibidos en el Laboratorio Nacional de Referencia del Instituto Nacional de Salud. Materiales y métodos: Se hizo un estudio observacional descriptivo. Se estudiaron 63 aislamientos de individuos con tuberculosis e infección por HIV mediante pruebas de identificación, sensibilidad y genotipificación. Resultados: Dos de los casos nuevos (3,3 %) eran resistentes a rifampicina y uno (1,6 %) a isoniacida, en tanto que tres (5,0 %) lo eran a la isoniacida combinada con estreptomicina. Los casos previamente tratados fueron sensibles. No se evidenció multirresistencia. Hubo 20 (31,7 %) aislamientos de la familia genética LAM9, 8 (12,7 %) de la H1 y 7 (11,1 %) de la T1 . Diecinueve aislamientos correspondieron a patrones huérfanos. Se observó un único agrupamiento entre los aislamientos analizados. No se encontraron diferencias estadísticamente significativas entre la resistencia a fármacos y las familias genéticas. Conclusión: La resistencia encontrada demostró la transmisión de cepas resistentes a rifampicina e isoniacida. Las familias genéticas LAM9, T1 y H1 corresponden a las descritas en la población general. No se evidenció transmisión activa en los aislamientos estudiados. Se necesitan estudios más completos para conocer la situación real de la infección concomitante de tuberculosis y HIV en el país.

Abstract Introduction: One third of the increase in tuberculosis cases is attributed to the spread of HIV. In 2012, 1,397 HIV-associated tuberculosis cases were reported in Colombia, i.e., 11.8% of the total cases. Molecular epidemiology tools help to understand the transmission of tuberculosis. Objective: To characterize clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis derived from HIV-infected individuals, received at the Laboratorio Nacional de Referencia in the Instituto Nacional de Salud. Materials and methods: This was a descriptive observational study. We analyzed 63 isolates of M. tuberculosis from HIV-infected individuals. Identification, drug susceptibility and genotyping assays were performed. Results: Of the new cases evaluated, three (5.0%) were resistant to isoniazid combined with streptomycin; two (3.3%) to rifampicin, and one (1.6%) to isoniazid. Previously treated cases were sensitive. No multidrug resistance was evident. Among the predominant genotypes, 20 isolates were (31.7%) LAM9, eight (12.7%), H1, and seven (11.1%), T1. Nineteen isolates corresponded to orphan patterns. One single grouping was observed among tested isolates. We found no statistically significant difference between the proportions of the antituberculous drug resistance and genotypes. Conclusion: We found resistant isolates to the most powerful drugs, rifampicin and isoniazid, among new cases, showing the transmission of resistant strains. Genetic families of M. tuberculosis LAM9, T1 and H1 correspond to those described in the general population. We detected no active transmission among studied isolates. More comprehensive studies are needed to assess the real situation of HIV associated tuberculosis in the country regarding sensitivity and transmission.

RESUMEN Objetivo Realizar la vigilancia epidemiológica clásica y molecular de la tuberculosis (TB) humana causada por Mycobacterium bovis en manipuladores de la cadena de producción bovina en fincas con bovinos PPD positivos de los Departamentos de Antioquia, Boyacá y Cundinamarca en un periodo de un año. Métodos Se visitaron las fincas ganaderas, con bovinos o bufalinos PPD positivos de los departamentos de estudio según información del Programa Nacional de Tuberculosis bovina del ICA. Se recolectó la información socio-demográfica y a los factores de riesgo para adquirir TB asociados a la ocupación a través de una encuesta aplicada a todos los trabajadores de las fincas visitadas. Se recolectaron muestras de esputo luego de haber obtenido un consentimiento informado. Los esputos fueron sometidos a pruebas microbiológicas y moleculares para la identificación de los miembros del complejo M. tuberculosis. Resultados Se visitaron 33 fincas ganaderas y se recolectó información para 164 trabajadores de la cadena de producción bovina. Se identificaron como posibles factores de riesgo para el desarrollo de TB la permanencia en la finca PPD positiva por más de un año, desconocimiento de la enfermedad y presencia de posibles reservorios como perros y gatos. No se encontraron casos de TB por M. bovis ni por M. tuberculosis en los trabajadores de las fincas visitadas. Conclusión No se documentaron casos de la enfermedad por este agente zoonótico en los departamentos de Antioquia, Boyacá y Cundinamarca.

ABSTRACT Objective To perform classic and molecular epidemiological surveillance of human tuberculosis caused by Mycobacterium bovis in bovine supply chains at farms with PPD positive bovines in the departments of Antioquia, Boyacá and Cundinamarca during a one-year period. Methods Livestock farms with PPD positive bovines or buffalos were visited in the study departments according to information obtained in the "Programa Nacional de Tuberculosis bovina" (National program on bovine Tuberculosis) released by ICA (Colombian Agriculture and Livestock Institute). Data on socio-demographic information and tuberculosis risk factors associated to the occupation were collected through a survey applied to all workers at the visited farms. Sputum samples were obtained after informed consent. The sputa underwent microbiological and molecular testing to identify members of the M. tuberculosis complex. Results Thirty-three livestock farms were visited and information of 164 workers from the bovine supply chain was collected. Staying in a PPD positive farm for more than a year, ignorance about the disease and the presence of possible vectors, like dogs and cats, were identified as possible risk factors for developing tuberculosis. No cases of tuberculosis caused by M. bovis or M. tuberculosis in workers of the visited farms were found. Conclusion No cases of the disease caused by this zoonotic agent were documented in the departments of Antioquia, Boyacá and Cundinamarca.

ABSTRACT Objective To perform classic and molecular epidemiological surveillance of human tuberculosis caused by Mycobacterium bovis in bovine supply chains at farms with PPD positive bovines in the departments of Antioquia, Boyacá and Cundinamarca during a one-year period. Methods Livestock farms with PPD positive bovines or buffalos were visited in the study departments according to information obtained in the "Programa Nacional de Tuberculosis bovina" (National program on bovine Tuberculosis) released by ICA (Colombian Agriculture and Livestock Institute). Data on socio-demographic information and tuberculosis risk factors associated to the occupation were collected through a survey applied to all workers at the visited farms. Sputum samples were obtained after informed consent. The sputa underwent microbiological and molecular testing to identify members of the M. tuberculosis complex. Results Thirty-three livestock farms were visited and information of 164 workers from the bovine supply chain was collected. Staying in a PPD positive farm for more than a year, ignorance about the disease and the presence of possible vectors, like dogs and cats, were identified as possible risk factors for developing tuberculosis. No cases of tuberculosis caused by M. bovis or M. tuberculosis in workers of the visited farms were found. Conclusion No cases of the disease caused by this zoonotic agent were documented in the departments of Antioquia, Boyacá and Cundinamarca.

RESUMEN Objetivo Realizar la vigilancia epidemiológica clásica y molecular de la tuberculosis (TB) humana causada por Mycobacterium bovis en manipuladores de la cadena de producción bovina en fincas con bovinos PPD positivos de los Departamentos de Antioquia, Boyacá y Cundinamarca en un periodo de un año. Métodos Se visitaron las fincas ganaderas, con bovinos o bufalinos PPD positivos de los departamentos de estudio según información del Programa Nacional de Tuberculosis bovina del ICA. Se recolectó la información socio-demográfica y a los factores de riesgo para adquirir TB asociados a la ocupación a través de una encuesta aplicada a todos los trabajadores de las fincas visitadas. Se recolectaron muestras de esputo luego de haber obtenido un consentimiento informado. Los esputos fueron sometidos a pruebas microbiológicas y moleculares para la identificación de los miembros del complejo M. tuberculosis. Resultados Se visitaron 33 fincas ganaderas y se recolectó información para 164 trabajadores de la cadena de producción bovina. Se identificaron como posibles factores de riesgo para el desarrollo de TB la permanencia en la finca PPD positiva por más de un año, desconocimiento de la enfermedad y presencia de posibles reservorios como perros y gatos. No se encontraron casos de TB por M. bovis ni por M. tuberculosis en los trabajadores de las fincas visitadas. Conclusión No se documentaron casos de la enfermedad por este agente zoonótico en los departamentos de Antioquia, Boyacá y Cundinamarca.

Developing a fast, inexpensive, and specific test that reflects the mutations present in Mycobacterium tuberculosis isolates according to geographic region is the main challenge for drug-resistant tuberculosis (TB) control. The objective of this study was to develop a molecular platform to make a rapid diagnosis of multidrug-resistant (MDR) and extensively drug-resistant TB based on single nucleotide polymorphism (SNP) mutations present in therpoB, katG, inhA,ahpC, and gyrA genes from Colombian M. tuberculosis isolates. The amplification and sequencing of each target gene was performed. Capture oligonucleotides, which were tested before being used with isolates to assess the performance, were designed for wild type and mutated codons, and the platform was standardised based on the reverse hybridisation principle. This method was tested on DNA samples extracted from clinical isolates from 160 Colombian patients who were previously phenotypically and genotypically characterised as having susceptible or MDR M. tuberculosis. For our method, the kappa index of the sequencing results was 0,966, 0,825, 0,766, 0,740, and 0,625 forrpoB, katG, inhA,ahpC, and gyrA, respectively. Sensitivity and specificity were ranked between 90-100% compared with those of phenotypic drug susceptibility testing. Our assay helps to pave the way for implementation locally and for specifically adapted methods that can simultaneously detect drug resistance mutations to first and second-line drugs within a few hours.

Introducción. La tuberculosis cutánea secundaria a la inyección con agujas es rara; se presenta en personal médico y de laboratorio, y en pacientes que reciben tratamientos percutáneos. Objetivo. Presentar seis pacientes con tuberculosis cutánea secundaria a tratamiento por mesoterapia. Materiales y métodos. Entre 1 y 4 meses después de la inyección en la piel glútea y abdominal de material no precisado, como tratamiento para la obesidad y la celulitis, cinco mujeres y un hombre desarrollaron pápulas, nódulos y senos de drenaje de material seroso en los sitios de inoculación, interpretados clínicamente como infección por micobacterias no tuberculosas. Se practicaron cultivos de las secreciones y de las biopsias de piel para la identificación fenotípica y estudio de histopatología. Con los resultados iniciales se realizaron pruebas moleculares de PRA (PCR-restriction pattern analysis) en las biopsias de piel y estudio ampliado de los pacientes. Resultados. Se demostró Mycobacterium tuberculosis en los cultivos, hallazgo confirmado por la técnica de PRA en las biopsias incluidas en parafina.Los pacientes no habían padecido tuberculosis. Las placas de tórax fueron normales y la tuberculina midió entre 17 y 20 mm. Cinco curaron con terapia antituberculosa y otro curó espontáneamente luego de la resección-biopsia de la lesión más grande. No se encontraron adenopatías satélites ni recurrencias. Conclusiones. Se demostró una nueva forma de adquirir la tuberculosis cutánea. Esta es la segunda demostración de tuberculosis cutánea por mesoterapia en Colombia. El estudio de las lesiones de la piel en el sitio de la inyección cutánea debe incluir pruebas para detectar micobacterias, entre ellas M. tuberculosis.Las autoridades sanitarias deben prestar atención y prevenir esta modalidad de adquirir la tuberculosis.

Introduction. Cutaneous tuberculosis as a result of a needle injection is a rare event; it generally occurs among medical and laboratory personnel and among patients receiving percutaneous treatment. Objective. Six patients are presented who developed cutaneous tuberculosis after mesotherapy cosmetic treatment. Material and methods. One to four months after injection of an unknown product as treatment for obesity and cellulites, five women and a man developed papules, nodules and drainage of wax like material at the inoculated sites; this was interpreted clinically as a non tuberculous mycobacterium infection. Skin biopsies were taken for a histopathologic study; the biopsy and exudates were cultured to make a phenotypic identification. Polymerase chain reaction and restriction enzyme pattern analyses (PCR-restriction pattern analysis)) procedures were applied to the skin biopsies. Results. Mycobacterium tuberculosis was confirmed in the culture and by PRA analysis in the paraffin-embedded biopsies. The patients had never had tuberculosis. Their thoracic X rays were normal and the size of the tuberculin reaction was 17 to 20 mm. Five patients recovered with antituberculosis treatment and the sixth spontaneously healed after the removal of the largest cutaneous module. No satellite adenopathy or recurrences were observed. Conclusions. A previously undescribed mode of acquisition cutaneous tuberculosis was described. This was the second incident of a demonstrated cutaneous tuberculosis following mesotherapy in Colombia. Skin lesions induced by injections must be tested to detect mycobacterias to include M. tuberculosis.

Introducción. El trabajo con Mycobacterium tuberculosis se considera un factor de riesgo para el personal de laboratorio que manipula especímenes clínicos y cultivos. Uno de los procesos que requiere de una alta concentración de microorganismos es la extracción de ADN para realizar metodologías moleculares. Se han reportado casos de tuberculosis pulmonar en profesionales que realizan procedimientos moleculares en los que se requiere previa manipulación del microorganismo en masa, lo cual ha motivado la investigación sobre la bioseguridad del protocolo de extracción, sin que a la fecha haya consenso sobre los riesgos del proceso. Objetivo. Evaluar la bioseguridad del protocolo de extracción de ADN reportado por van Soolingen et al., 2002, mediante la determinación de la viabilidad de M. tuberculosis en cada etapa del proceso. Materiales y métodos. Se realizaron 880 cultivos a partir de 220 aislamientos clínicos de M. tuberculosis que se procesaron para las tres primeras fases de extracción de ADN. A los cultivos positivos se les realizó identificación molecular por PRA hsp65 y caracterización por spoligotyping. Resultados. Se obtuvo crecimiento en uno de los procedimientos realizados. Por caracterización molecular, se determinó que no correspondió al aislamiento analizado originalmente, sino que fue producto de contaminación cruzada. Conclusión. Se determinó que el protocolo de extracción de ADN descrito por van Soolingen et al. (2002) e implementado en el Instituto Nacional de Salud de Colombia, es seguro para el personal de laboratorio y el medio ambiente.

Introduction. Manipulating Mycobacterium tuberculosis clinical specimens and cultures represents a risk factor for laboratory personnel. One of the processes that requires high concentrations of microorganisms is DNA extraction for molecular procedures. Pulmonary tuberculosis cases have occurred among professionals in charge of molecular procedures that require manipulation of massive quantities of microorganisms. This has prompted research studies on biosafety aspects of extraction protocols; however, as yet, no consensus has been reached regarding risks associated with the process. Objective. The biosafety was evaluated for the DNA extraction protocol of van Soolingen, et al. 2002 by determining M. tuberculosis viability at each process stage. Materials and methods. Eight hundred eighty cultures were grown from 220 M. tuberculosis clinical isolates that had been processed through the first three DNA extraction stages. Molecular identifications of positive cultures used a PCR isolation of a fragment of the heat shock protein PRA-hsp65 and examination of its restriction enzyme profile (spoligotyping). Results. Growth was seen in one culture with one of the procedures used. The molecular characterization did not correspond to the initially analyzed isolate, and therefore was deduced to be the product of a cross-contamination. Conclusion. The DNA extraction protocol, as described by van Soolingen, et al. 2002 and as implemented at the Instituto Nacional de Salud, was established to be safe for laboratory personnel as well as for the environment.

Introducción. Las micobacterias no tuberculosas pueden ser saprofitas, patógenas u oportunistas; las enfermedades más comunes producidas por estos microorganismos son las infecciones posquirúrgicas, principalmente por procedimiento estéticos, infecciones asociadas con catéteres, enfermedades cutáneas diseminadas, enfermedades pulmonares y del sistema nervioso central que afectan especialmente a pacientes infectados con el virus de la inmunodeficiencia humana. La identificación fenotípica de las micobacterias no tuberculosas incluye pruebas microbiológicas y bioquímicas, las cuales pueden tomar varias semanas y algunas veces no logran diferenciar entre los miembros de un complejo. Objetivo. El objetivo fue evaluar la metodología de reacción en cadena de la polimerasa-análisis de restricción, como método de identificación genotípica de micobacterias no tuberculosas aisladas de muestras clínicas que pertenecen a la colección del Instituto Nacional de Salud. Materiales y métodos. Se estudiaron 70 aislamientos clínicos de micobacterias no tuberculosas, criopreservados en glicerol al 50% e identificados mediante metodologías fenotípicas. La identificación genotípica se realizó por reacción en cadena de la polimerasa-análisis de restricción y se evaluó la concordancia entre las metodologías. Resultados. Se obtuvo una concordancia del 100% en la identificación de Mycobacterium terrae, M. szulgai, M. avium, M. chelonae y M. scrofulaceum, en las especies M. fortuitum, M. abscessus M. gordonae y M. intracellulare varió de 44% a 89%; no se obtuvo concordancia en la identificación de las especies M. flavescens y M. malmoense. Conclusiones. El análisis de restricción es una alternativa para la identificación de especies de micobacterias no tuberculosas, rápida, económica y segura para la identificación, que permite la diferenciación entre especies de un complejo y la determinación del subtipo de cada especie.

Introduction. Nontuberculous mycobacteria can be saprophytic, pathogenic or opportunistic. The most common diseases produced by these microorganisms are the post-surgical infections due to anesthetic procedures, infections associated with catheters, disseminated cutaneous diseases and pulmonary and central nervous system diseases that especially affect HIV patients. Identification of the nontuberculous mycobacteria can take several weeks and even then, differentiation of complex members is not possible. Objective. The PCR-restriction analysis (PRA) technique was evaluated as a method for genotypic identification of nontuberculous mycobacteria isolated of clinical samples located in the culture collection of the Instituto Nacional de Salud (National Institute of Health), Bogotá, Colombia. Materials and methods. Seventy clinical isolates of nontuberculous mycobacteria stored in 50% glycerol at -70°C were identified by phenotypic techniques. The genotypic identification was made using the PCR-restriction analysis (PRA) using the restriction enzymes BstEII and HseIII, the restriction products were visualized on gels of agarose to 3%, and the concordance between the methodologies was evaluated. Results. A matching of 100% was obtained in the identification of Mycobacterium terrae, M. szulgai, M. avium, M. chelonae and M. scrofulaceum, the matching between M. fortuitum species, M. abscessus, M. gordonae and M. intracellulare varied from 44 to 89%; there was no concurrence in the identification of species M. flavescens and M. malmoense. Conclusions. PRA provided a fast, inexpensive and accurate alternative for the identification of nontuberculous mycobacteria that permited the differentiation among species of a complex and determining the subtype of each species sample.